Это могло быть просто отставание в iTunes. После перезапуска программы должны появиться треки CD, которые вы перетаскивали в свою библиотеку (как вы говорите).
Обратите внимание, что iTunes - это громоздкая программа, которая занимает много времени и не любит, когда ее слишком много возят =).