Вы можете запустить php из командной строки, указав путь к файлу php.ini, который вы хотите использовать:
php -c /path/to/zend/phpini/folder myfile.php
Чтобы узнать папку, в которой находится командная строка php.ini, вы можете использовать:
php -i | grep php.ini