Эти фильмы вы создали сами? Или вы получили их из "других" источников?
Если это фильмы, которые вы создали сами, вы можете использовать iMovie или QuickTime.
Если нет, я рекомендую использовать ручной тормоз для перекодирования в один видеоформат, а затем использовать MetaX для добавления метаданных (включая главы).