/Users/yourusername/Library/Preferences/com.adobe.Acrobat.Pro_x86_9.0.plist (или найдите тот, который сопоставим с вашей версией)
это .plist, который содержит (помимо прочего) список последних файлов ..
его можно изменить (если у вас установлены правильные права доступа), через терминал или textwrangler, plist edit pro или другие различные редакторы plist ...