Я нашел ответ в другом месте. Просто замените верхнюю часть xorg.conf этим. По сути, размещение другого экрана без связи лишает мышь возможности перемещаться по краям:
Section "ServerLayout" Identifier "aticonfig Layout" Screen 0 "aticonfig-Screen[0]-0" 0 0 Screen "aticonfig-Screen[1]-0" 2000 0 EndSection