Notepad ++ - это редактор текстовых файлов, которые заканчиваются специальными двоичными символами, обозначающими конец строки. Он всегда будет думать, что ваша текстовая строка находится между двумя символами конца строки, и в большинстве случаев будет игнорировать сам конец строки в своих операциях.
Это может привести к разрушению файла при преобразовании в Base64, поскольку Notepad ++ преобразует текст между концом строк, но может вызвать проблему с неправильной обработкой конца строк.
На самом деле, для меня довольно удивительно, что для некоторых файлов это работает правильно, и я могу легко понять, что для других это не так.
Я думаю, что вы действительно должны искать другое решение, чем Notepad ++ для преобразования в Base64.