Нет, в магнитной ссылке нет способа указать, к какому уровню добавлен трекер.
В спецификации протокола BitTorrent нет ничего о том, как это сделать.
Так что клиент должен решить, как это сделать.
Deluge, как вы заметили, добавляет все трекеры к уровню 0.
Другие клиенты, например: µtorrent, добавляет каждый трекер на своем отдельном уровне.