Это происходит из-за того, что у вас есть разные кодеки DirectShow для X32 и X64, медиаплеер запускается с версией x32, когда вы щелкаете по нему с рабочего стола.
Однако Windows Media Center работает только в режиме X64 и не может использовать любые кодеки x32. graphstudio имеет версию x64, вы можете перетащить свой avi на него, чтобы увидеть, какие кодеки он использует для рендеринга видео. Если график не может быть отображен, вам необходимо изменить приоритеты или установить новые кодеки.
Shark поставляется с достаточно хорошим пакетом кодеков x64.
Лично я бы держался подальше от медиацентров X64, они не стоят усилий. Я до сих пор не могу заставить работать потоковую потоковую передачу на x64.