Звучит так, как будто вы просто сталкиваетесь с внутренними правилами Word для стиля IEEE, согласно которым библиография (или, точнее, список «Список литературы») должна располагаться в порядке цитирования. Собственно говоря, если вы не хотите, чтобы это было организовано таким образом, вам следует выбрать стиль, отличный от IEEE, даже если это означает потерю скобок, которые вам нравятся.
Тем не менее, если вы хотите создать свою собственную нестандартную версию стиля IEEE, я думаю, что ваш единственный вариант - тот, который вы уже используете: подождите, пока документ не будет готов, обновите библиографию в последний раз, а затем вручную упорядочите записей. Затем, если вы когда-нибудь обновите документ и добавите другие источники, вам придется делать это снова и снова. В отличие, скажем, от полей TOC, поля BIBLIOGRAPHY (и CITATION) даже не имеют никаких опций / переключателей, которые можно установить вручную; поэтому очевидно, что Word считает формат для них фиксированным.