Первое, что приходит на ум, это rsync :
rsync -va / путь / к / новому / дереву / / путь / к / существующему / дереву
Слева на первом пути жизненно важно. Без этого tree
будет создана новая папка, в которой будет создан /path/to/existing/tree
путь /path/to/existing/tree/tree
.
Эта команда обновит файлы в существующем дереве с файлами из нового дерева.