Если вам нужно обработать такие файлы в коде и на Windows, или Linux, вы можете использовать ZIPBlackbox пакет нашего SecureBlackbox продукта. ZIPBlackbox поддерживает обработку архивов, подписанных или зашифрованных с использованием сертификатов X.509.
Если вы имели в виду что-то еще, будьте более точны с выбором тегов и сформулируйте вопрос правильно.