Проблема заключалась в том, что исполняемый файл пишется с заглавной буквы «А». Не строчный «атом», как в руководстве. Так что эта команда работает:
$ /Applications/Atom.app/Contents/MacOS/Atom --safe
Изменить: Я только что обнаружил, что выбрав «Atom»> «Установить команды оболочки» из меню, создаст символические ссылки, необходимые для работы atom
приложения командной строки.