Наконец-то разобрался с решением, ну скорее обходной путь.
В скрипте Python я использовал MatlabEngine от Matlab. По-видимому, это начинается только тогда, когда пользователь активен. Подробности, которые я до сих пор не знаю, но должны быть чем-то особенным с лицензией matlab и моделью, на которую imac переключается через несколько минут после того, как пользователь становится неактивным. Хотя было бы интересно понять это правильно ...
Что на самом деле работает, так это использование команд bash вместо MatlabEngine для вызова matlab. Это не предлагает прямого взаимодействия с функцией Matlab, как MatlabEngine, но для моего случая вполне достаточно.