Нет разницы между файлами в медиафайле iTunes и вашими оригиналами.
iTunes может использовать исходные файлы в любом каталоге, в котором вы хотите, или поместить и упорядочить их в своей собственной папке.
выбор из того, что нужно сделать, находится в iTunes-> Preferences-> Advanced, опция «Сохранить папку iTunes Media организованной». Если выбрано, то файлы копируются в iTunes Media