Согласно спецификации для разъема Molex PCIe, подъем от монтажной поверхности до верхней части разъема составляет 11,25 мм (макс.).
Не стесняйтесь искать другие марки / варианты для сравнения, но это должно быть стандартным.
Еще лучше: купите доску, которую вы планируете использовать, и измерьте высоту гнезда штангенциркулем. ;)