Похоже, вы используете 64-разрядную версию Vista (как и я). Это должно сделать это автоматически, но вот оно:
64-битные в программных файлах, 32-битные в x86.
Разделение необходимо время от времени и должно быть отказано: http://www.winvistatips.com/2-program-folders-64bit-vista-t171602.html