Простое исправление: измените фокус на другое приложение, прежде чем нажать кнопку «Сохранить», если вы ожидаете, что такое поведение будет часто происходить с определенным файлом Если вы измените фокус и вернетесь назад, TextMate обнаружит это изменение.
Не уверен, почему у вас есть программы, изменяющие файлы, пока вы над ними работаете, но ... у вас это есть.