Команда bash на Mac-терминале больше не работает

Это должно сбросить переменную PATH к ее значению по умолчанию и заставить ваши команды работать снова:

PATH=$(getconf PATH) 

Тогда вместо использования

export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:$ 

использовать:

export PATH="$HOME/blast-2.2.22/bin:$" 

Наконец, если вы добавляете определение PATH в a .profileили .bashrc, вы можете проверить изменения, выполнив bash -l. Это вызовет bash как подоболочку, но она будет работать так, как будто вы вошли в систему. Вы можете проверить, работают ли изменения так, как вы хотите, а затем набрать, exitчтобы завершить эту подоболочку и вернуться к исходной оболочке входа.

Три шага: во-первых, вы, вероятно, можете запускать команды из терминала . Вы просто каким-то образом испортили свой путь поиска. Но вы все равно можете запустить программу, указав ее полный путь.

Например, /usr/local/bin/bashвсе равно запустится bash, даже если / usr / local / bin / отсутствует в вашем пути поиска. (при необходимости измените путь, я не знаю, где OS X хранит bash по умолчанию. Я просто использовал место, где bash находится во FreeBSD).

Так что, да, вы можете запускать команды. И вы можете использовать эти команды, чтобы исправить положение.

Во-вторых, вам не нужно искать все пути. Установка нового пути для вашей текущей оболочки должна быть такой же простой, как печатать export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin"и нажимать enterили return. Это временно только для открытой оболочки, но это значительно облегчит восстановление.

В-третьих, давайте попробуем найти ошибку и навсегда ее исправить.

Сообщение об ошибке совершенно ясно. Цитирую свой пост:export: /Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': not a valid identifier

Где-то в ваших правках есть ошибка. Снова откройте .profile, временно восстановив пути (см. Раздел 2) или указав полный путь.

Если у вас есть резервный файл, восстановите его. Если нет, ищите записи вроде этого:

PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/mysql/bin:$PATH или
`PATH =" $ PATH: / newfoldertosearch "

Найдите свои собственные правки. Удалите их (или раскомментируйте, поместив #перед ними, а затем попытайтесь найти ошибку. Это может быть так же просто, как наличие; вместо:. Другими легко пропущенными вещами являются пробелы или непечатные символы.

Во время редактирования не закрывайте текущую оболочку. Оставьте известный рабочий (или известный временно восстановленный) открытым и протестируйте его во второй оболочке. Что является хорошей практикой для любых изменений в вашем профиле.

PS: знак плюс в конце ncbi-blast-2.6.0 + в строке без кавычек может иметь место, но у меня нет OSX для тестирования.

• теперь я не могу больше запускать какие-либо команды в терминале (также в другой оболочке)

Эта часть вашей проблемы происходила со мной, поэтому я сделал следующее:

1) набрав export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin"в терминале, чтобы он временно работал

2) Редактировать bash_profile, набрав /usr/bin/open ~/.bash_profile -a TextEdit

3) Когда я открыл свой файл bash_profile, я понял, что последняя строка exportвыглядела очень грязно с некоторыми странными символами, поэтому я полностью пометил ееexport PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

Я абсолютно новичок в этом, но мне удалось сделать эти шаги, читая фрагменты решений по различным вопросам на SE, так что надеюсь, что это может помочь кому-то еще.