Первоначальное копирование всего в промежуточный файл предотвратит любые проблемы, которые могут возникнуть из-за того, что жесткий диск, процессор или привод чтения компакт-дисков не справляются с записывающим приводом. Однако это не должно быть проблемой для современного оборудования, если только вы не копируете диски в системе с высокими налогами. Это было гораздо более серьезной проблемой в конце 90-х годов с процессорами с частотой менее 1 ГГц, более медленными дисками и более хрупкими операционными системами (Win9x).
Чтение диска одинаково для дисковода и ОС, независимо от того, делает ли это система для записи данных на жесткий диск или для отправки данных на другой дисковод. Так что любая «потеря качества» будет одинаковой, независимо от того, что вы делаете. Если у вас есть царапина на исходном CD, сектора данных могут возвращать ошибки при чтении, а аудио сектора могут возвращать ненадежные аудиоданные.
Файл изображения на диске должен быть бит для точной копии того, что находится на диске. Для данных это может быть гарантировано, так как секторы оптического диска имеют контрольную сумму. Что касается аудио, я полагаю, что это может зависеть от привода, вернет ли он этот тип информации. В зависимости от привода можно получить копию аудио, которая не соответствует тому, что находится на диске. Однако это связано с состоянием диска и записывающим устройством компакт-дисков, а не с тем, куда направляются данные назначения.
Если вы делаете серьезное аудио-копирование с аудио-CD или аудио-треков Redbook, я бы проверил Exact Audio Copy - он предназначен для точного аудио-копирования. Для этого также разработан ряд программ linux, и я приглашаю других, более знающих, поговорить об этом.