Duplifinder выглядит так, как будто он делает то, что вам нужно. Просто выберите корневую папку как ту, которую хотите найти, и выполните поиск по всем подпапкам. Он даст вам процент относительно того, насколько они связаны, обрабатывает различные форматы, разрешения и т. Д.
Вы также можете попробовать SimilarImages и VisiPics . Этот последний может быть лучшим из всех.