Я могу говорить в основном за MacPorts, но я уверен, что это относится, по крайней мере, к Fink и, вероятно, к Homebrew. Там нет фоновых процессов на всех для пакета установщика MacPorts. Это просто система, которая отслеживает установленные порты и поддерживает зависимости в своем собственном автономном /opt/localкаталоге (за некоторыми исключениями). Если вы устанавливаете какой-либо демон или службу, которые должны быть запущены в качестве фоновой службы, то это уже другая история, и результат port install, как правило, даст вам инструкции о том, как ее загрузить.
Я не вижу способа, которым установка MacPorts (или Fink, и т. Д.) По своей сути сломала бы вашу установку Mono, которая устанавливает себя /Library/Frameworksс помощью символических ссылок для исполняемых файлов в /usr/bin. Я бы сказал, что ваш страх неуместен.