Вы не можете «заполнить» область прозрачными пикселями, если под ней есть несколько других слоев. Что вы можете сделать, это объединить нужные слои в новый слой сверху и скрыть все слои ниже этого. Затем используйте маску, чтобы скрыть часть слоя, который вы хотите прозрачным.
Вкратце:
1. Примените изображение в новом слое (или объедините с новым слоем).
2. Скройте все остальные слои под верхним.
3. Добавьте маску, скройте желаемый участок.
Чтобы добавить маску, выберите правильный слой и нарисуйте выделение. Затем перейдите в Layer> Layer Mask> Reveal Selection.
Это скроет части слоя, которые не выделены.