Нет, нет причины, по которой преобразование в MP3 могло бы привести к тому, что файл запустился раньше (если только не было ошибки в Audacity).
Проблема, вероятно, где-то еще. Возможно, вы случайно изменили начало track1?
Мы не сможем помочь вам без дополнительной информации.
Попробуйте воспроизвести проблему в смелости, затем опубликуйте точные шаги, которые вы выполнили (и, в идеале, медиафайл, необходимый для их воспроизведения, который вы можете поместить в какое-то веб-пространство, поскольку вы не можете разместить его здесь), вместе с точными инструкциями, чтобы воспроизвести проблему, Тогда посмотрим ...