Первый результат в Google для: позиция окна macvim
Дали мне это:
http://code.google.com/p/macvim/issues/detail?id=53
Кажется, это известная проблема с тем, как OS X управляет размещением окон, и Бьорн еще не нашел способ обойти это.
Редактировать: Woops, в комментарии 8 он изменил статус на «исправлено» ... Предположительно, оно было исправлено только 9 дней назад, и с тех пор сборка моментальных снимков не выпускалась ... так что, если вы просто дождетесь следующего выпуска Macvim это должно быть решено :-)