У меня было что-то удивительно похожее на то, что происходило с pidgin в прошлом, хотя проблема проявлялась по-другому - полноэкранный режим не работал правильно в моем случае.
Проще говоря, у вас есть приложение, которое закреплено, но каким-то образом невидимо, но ваша система знает о нем и действует соответствующим образом. Таким образом, ваша мышь воздействует на невидимое приложение, а не на видимое. Быстрое решение проблемы - убить приложение из диспетчера задач и перезапустить его. Pidgin в конце концов исправил эту ошибку, так что, скорее всего, когда разработчики решат проблему, об этом позаботятся.