RAR - единственный, кто делает это прямо сейчас, AFAIK.
Из командной строки вы должны использовать ключ -os
-os Save NTFS streams. Windows version only. This switch has meaning only for NTFS file system and allows to save alternative data streams associated with a file. It is especially important in Windows 2000, XP and newer, which use streams to keep some file dependent information like file descriptions. If you use RAR to backup your NTFS disks, it is recommended to specify this switch.
Я не уверен, как эта способность появляется в графическом интерфейсе WinRAR, если вообще.