Если он подключен к каким-либо машинам, которые могут быть подключены к Интернету, то, безусловно, да.
Есть много доступных вариантов. Хотя лично мне не нравятся Макафи или Нортон, они там. Также есть AVG, F-Secure, ClamAV (хотя порт win32 больше не активен), и я уверен, что еще сотни :)
Microsoft даже работала над одним - я не знаю, доступен ли он еще вне бета-версии, но он существует.
ClamWin, упомянутый @ J Pablo .
ESET NOD32 Antivirus Business Edition, с https://serverfault.com/questions/2899/what-anti-virus-for-windows-server