Похоже, система пытается собрать ядро i386 в вашей системе amd64. Можете ли вы опубликовать вывод "uname -a", содержимое /usr/make.conf и /usr/src.conf, пожалуйста?
Обновление :
Перечитав исходный вопрос, вы обнаружите, что вы не следуете стандартному процессу сборки, описанному в Руководстве, поэтому, вероятно, все идет не так. Вы должны запустить, make buildkernel
чтобы собрать новое ядро и make installkernel
установить его; make depend
и т. д. выполняются как часть внутренней сборки, но запускать их вручную с 4х дней не требуется.