Я использую ffmpeg. Вот сайт, который должен облегчить это: http://andrebluehs.net/blog/converting-avi-to-mp4-with-ffmpeg/
отвечая на комментарий для GUI:
Я просто погуглил «видео в mp4 gui ffmpeg» и придумал WinFF. Я скачал и запустил. Это выглядит неплохо. Это то, что я бы попробовал. Удачи.