Используйте --group-directories-first
опцию:
ls --group-directories-first -la
Сначала будут перечислены все каталоги (скрытые и видимые), а затем все файлы.
Для удобства я бы предложил установить для этого псевдоним, поскольку для этого нет коротких вариантов:
alias ls='ls --group-directories-first'