Получите MP4BOX и сделайте это за пару проходов.
Во-первых, внимательно посмотрите на потоки в файле, вам нужно знать их номера, чтобы вы могли извлечь их соответствующим образом:
mp4box -info media_file.m4v
Далее вы захотите извлечь отдельные потоки:
mp4box -raw 1 media_file.m4v mp4box -raw 2 media_file.m4v etc...
Наконец, вы захотите собрать потоки в новый контейнер. Обратите особое внимание на то, что вам может потребоваться настроить значения fps - MP4BOX по умолчанию на 25fps. Команда info с шага 1 должна включать соответствующую информацию
mp4box -add media_file.x264 -add media_file.aac -add media_file.ac3 -fps 23.976 new_output_container.m4v
В качестве хорошей меры вы можете также воспользоваться новой поддержкой itags для добавления небольшого количества метаданных в ваш контейнер m4v:
mp4box -itags "name=Your Great Movie" new_output_container.m4v