Возможно, вам придется подождать, пока Apple исправит это. Я заметил, что когда я сталкиваюсь с этим, если я перезагружаю последнее приложение, медиа-ключи влияют, они иногда начинают работать снова.
Например, я смотрел видео на YouTube в Safari, а затем начал слушать музыку. Я не мог заставить медиа-ключи работать на iTunes, и они тоже не работали с YouTube. Выход из Safari позволил им снова работать на iTunes. Запуск Safari снова не сломал это.