Проблема реплицирована: ошибка пользователя.
gpg -K перечисляет только закрытые ключи. gpg --edit перечисляет как открытые, так и частные подразделы, но не различает, когда секретный подраздел отсутствует.
Вот как это выглядит, когда вы экспортируете публичный подраздел, удаляете секретный подраздел, а затем импортируете публичный подраздел.
д-р: PEBKAC