Я бы использовал TTLS, если у меня не было причины не делать этого. Это проверенная технология и поддерживается на нескольких платформах.
Вот хороший (хотя и несколько длинный) обзор в O'Reilly. Обязательно прочитайте комментарии к статье, чтобы узнать больше.
Вот цитата из заключения
Хотя между протоколами TTLS и PEAP нет большого технического различия, у TTLS есть ряд небольших преимуществ. В дополнение к небольшой степени гибкости на уровне протокола, в настоящее время доступны продукты, которые поддерживают гораздо более широкий спектр клиентских операционных систем.