Похоже, новая версия инструмента командной строки, загруженная из App Store, повреждена. Мне пришлось загрузить ту же версию со страницы загрузок Apple Developers и установить ее вручную.
Затем откройте App Store, перейдите на вкладку Updates и дайте ему немного обновить список приложений. И инструмент командной строки ушел, потому что он уже установлен. Теперь я могу продолжить обновление OS X :)