Фильтр стерео3d предназначен для воздействия на один видеопоток, где последовательности для обоих глаз уже присутствуют и чередуются каким-либо образом - тогда фильтр изменяет схему компоновки. Здесь у вас есть два отдельных потока, которые необходимо объединить.
Предполагая, что обе последовательности имеют одинаковые свойства видео (разрешение, длительность ..), используйте
ffmpeg -framerate 60 -i "image_%05d_L.jpg" -framerate 60 -i "image_%05d_R.jpg" -filter_complex "hstack,format=yuv420p" -c:v libx264 -crf 15 -preset veryslow vid.mp4