Расположение файла журнала может быть установлено в файле вашего профиля (как правило, ~/.unison/something.prfно, поскольку вы находитесь в OS X, он будет в ~/Library/Application Support/Unison/), добавив строку logfile = /path/to/log/file. Его также можно переопределить в командной строке с помощью -logfileопции.
Как правило, если программа ведет себя не так, как вы хотите, я предлагаю поискать вариант конфигурации, прежде чем придумывать сложные обходные пути или модифицировать исходный код. Документация - твой друг. В этом случае поиск «unison.log» в документации привел бы вас к logfileпредпочтениям.