Вы подтвердили, что часы синхронизированы на обоих localи remote?
Со страницы руководства rsync :
Rsync finds files that need to be transferred using a lqquick checkrq algorithm (by default) that looks for files that have changed in size or in last-modified time. Если часы не синхронизированы, и вы не можете их отредактировать, попробуйте сказать rsync, что он немного «размыт», как он проверяет время. Снова из справочной страницы для rsync
--modify-window When comparing two timestamps, rsync treats the timestamps as being equal if they differ by no more than the modify-window value. This is normally 0 (for an exact match), but you may find it useful to set this to a larger value in some situations. In particular, when transferring to or from an MS Windows FAT filesystem (which represents times with a 2-second resolution), --modify-window=1 is useful (allowing times to differ by up to 1 second). Попробуйте запустить rsync с --size-onlyопцией и посмотреть, не rsyncизменится ли поведение .
Другой альтернативой является использование --checksumопции rsync. Это требует больше дискового ввода-вывода и циклов для генерации контрольных сумм, поэтому это может быть медленнее. Было бы интересно узнать, решит ли это проблему.