Решено.
Первая часть (почему у одного пользователя есть избранные и общие параметры, а у другого - особые и пользовательские) связана с тем, что у одного пользователя есть измененный раздел личных шаблонов. Это по какой-то причине меняет название опций.
Вторая часть заключается в том, что шаблоны обновляются, но по какой-то причине при выборе шаблона (от нажатия нового, а не перехода к шаблону в проводнике) Word отображает только заголовок шаблона до полной остановки. Поэтому «Шаблон отчета v1.2» отображается как «Шаблон отчета v1».