Да. Это обычное дело.
Ни использование адаптера SATA / USB, ни доступ к нему из другой ОС не приведет к изменению / удалению чего-либо (если вы на самом деле не идете и не удаляете файлы), а также волшебным образом не изменяет структуру диска каким-либо несовместимым образом. Он по-прежнему будет иметь тот же загрузчик, те же разделы, те же файловые системы и те же файлы (за исключением только обновлений «Последний доступ»).
(Я не совсем уверен насчет копирования файлов на диск ноутбука: если операционная система, которая обращается к нему (настольный компьютер), значительно новее, чем фактически установленная ОС (ноутбук), то вновь созданные файлы могут использовать новые функции NTFS, которые старая ОС не понимает.)