Удалите RAID 0 и заново создайте RAID 1 или автономную установку.
Если вы не против запуска новой версии, вы можете скачать свой собственный установочный носитель здесь: https://www.microsoft.com/en-us/software-download/windows10
Это будет самый простой способ, так как Windows восстановит все самостоятельно.
Ваша альтернатива здесь заключается в резервном копировании / восстановлении таким образом, чтобы вы могли изменить размер разделов. Это не прямо вперед с CloneZilla: https://serverfault.com/questions/568227/prepare-a-disk-to-be-imaged-by-clonezilla-for-use-on-smaller-disks
Вы также можете использовать Windows Backup / restore или другой сторонний инструмент. На ум приходит Acronis, но в комментариях было также предложено стандартное бесплатное ПО AOMEI Backupper .
Кроме того, вы можете изменить размер ваших рабочих разделов, предварительно дефрагментировав / оптимизировав диск, а затем сжимая основной раздел, чтобы общее используемое пространство было меньше, чем у одного из ваших SSD-дисков. Тогда клон должен работать нормально.