У меня были и эти трудности. Был пакет, который выполнял команду для события did-save (Убедитесь, что Newline в EOF на Save.tmbundle). Это вызывало запись после сохранения, загрязняя файл. Событие должно быть изменено на will-save, но было бы проще просто реализовать эту одну простую команду в пользовательском пакете.
Во всяком случае, удаление этого пакета исправило проблему для меня. Если этот пакет не установлен, посмотрите, есть ли какие-либо команды в любом другом добавленном пакете, которые изменяют текст документа после сохранения. Найдите callback.document.did-save в поле семантического класса команды.