Полученное предупреждение относится к локальному хранилищу документов iCloud.
Эта папка, как правило, не видны конечному пользователю, и в любом случае он не имеет в виду удаление любых копий данных ~/Documents
, ~/Desktop
и так далее.
Другими словами, снимите флажок с документов на панели управления iCloud.