использование
ffmpeg -f lavfi -i color=RRGGBB -i in.gif -filter_complex "[0][1]scale2ref[bg][gif];[bg]setsar=1[bg];[bg][gif]overlay=shortest=1" out.mp4
Создается холст черного цвета, если цвет (в шестнадцатеричном формате) не указан. В комплексе фильтров. его размер изменяется до того же размера, что и GIF, а затем на него накладывается GIF. В прозрачных областях GIF. фон просвечивает.