Вы можете указать другой CC перед установкой пакета с помощью pip. Вероятно, было бы разумнее сделать это под virtualenv вместо того, чтобы пытаться делать это с системным Python (и рисковать искалечить его за спасение).
Таким образом, вы можете использовать MacPorts, чтобы несколько разных интерпретаторов Python компилировались с разными компиляторами, устанавливаемыми отдельно.
Вы также можете использовать https://github.com/collective/buildout.python в качестве опции для более широкого выбора сред Python, точно настроенных на ваши желаемые настройки.