В настройках вы можете определить уровень отступа для каждого блока. По умолчанию это, вероятно, 4, и если вы создали свой код где-то еще и использовали другое количество (например, 2), оно не совпадет. Вы должны иметь возможность изменить настройки в соответствии с тем, что вы предпочитаете, и тогда автоматический отступ будет в порядке.
Желтая полоса показывает, какие строки были изменены, и не имеет ничего общего с настройками отступов. Когда вы сохраните файл, он станет зеленым и пропадет при следующем открытии файла.