Вы должны использовать диск в формате Mac, чтобы он мог правильно хранить все права собственности, разрешения и важные части файлов, которые в противном случае могли бы быть потеряны.
(Если бы у вас был только диск FAT32, вы могли бы создать там разреженный образ, смонтировать его на своем Mac и скопировать на него данные.)
Лично я бы использовал SuperDuper! создать загрузочный диск моей существующей системы, в любое время, прежде чем я обновлю его. Или, по крайней мере, убедитесь, что ваши резервные копии TimeMachine обновлены и не исключают каких-либо важных данных.