Как объясняется в списке рассылки mencoder :
Mencoder не может читать fps из контейнера wmv.
Вы можете установить значение fps или ослабить ваши проблемы и использовать ffmpeg :
ffmpeg -i input_video.wmv output_video.flv
Если вы хотите использовать параметры кодирования, которые вы запрашивали в своей команде mencoder (я могу ошибаться насчет единиц скорости бит по умолчанию для mencoder):
ffmpeg -i input_video.wmv -b 480m -acodec pcm_s8 -ab 48k -ar 22050 output_video.flv