Отредактируйте файл eclipse.ini и добавьте / change -vm, а затем запустите eclipse.exe
-vm D:/work/Java/jdk1.6.0_13/bin/javaw.exe -showsplash org.eclipse.platform --launcher.XXMaxPermSize 256M -framework plugins\org.eclipse.osgi_3.4.3.R34x_v20081215-1030.jar -vmargs -Dosgi.requiredJavaVersion=1.5 -Xms40m -Xmx512m
Вы можете найти больше информации об этих настройках на stackoverflow