Поскольку youtube-dl не предоставляет этого, вам придется использовать параметр аргумента постпроцессора. Это может зависеть от того, какой у вас постпроцессор, для ffmpeg это будет:
youtube-dl --extract-audio --audio-quality 0 --audio-format mp3 --postprocessor-args "-r 41000" %dl%